Mi astengo dall'entrare in tema... :) Troppa roba, troppi punti di vista e troppe complicazioni storico/ideologiche :) ... comunque sì: gli armonici non sono assolutamente intonati rispetto al sistema di accordatura che si usa modernamente (temperamento equabile). Non sono intonati nemmeno rispetto ad altri temperamenti... E gli armonici di un saxofono (eccetto per la nota più grave ) non corrispondono a quelli di una corda vibrante (sul sax tenore, per esempio, per fare il sol sovracuto si usa un armonico di si con una diteggiatura che lo facilita, ma lì dovrebbe esserci un fa diesis :) )

Semplificando, per me, il problema è pensare l'intonazione come qualcosa di statico, astratto, mentre si tratta di un processo dinamico, fatto di continui aggiustamenti... a meno di non suonare strumenti a intonazione fissa, ma davvero fissa: tastiere, vibrafoni, marimbe etc (il pianoforte ha comunque una sua mobilità, infatti va accordato ogni volta) - infatti i problemi maggiori si hanno quando si suona con quel tipo di strumento.