Luca, lo ho gia' spiegato in due diversi post: in un accordo vi sono frequenze le quali non sono multiple della fondamentale. In una nota gli armonici sono tutti multipli della fondamentale.

L'articolo che hai pubblicato mi sembra un nonsense: e' facile per un programmatore capire se un suono e' una nota o un accordo: ecco un possibile algoritmo:

1. Trova la frequenza fondamentale x (facile);
2. Trova le altre frequenze a(1)..a(n) (facile);
3. i:=1; ACCORDO:=0;
4. Se a(i) <> multiplo intero di x ACCORDO := 1; vai al punto 7;
5. i := i+1;
6. Se i <= n vai al punto 4;
7. Se ACCORDO == 1 stampa("Si tratta di un accordo") altrimenti stampa("Si tratta di una nota")

Purtroppo o per fortuna in internet si trova di tutto, e bisogna saper discriminare cio' che ha senso da cio' che non ne ha. Questo non ha senso: "Currently, what I am experimenting on is trying to get the Top 5 frequencies with the highest amplitudes, and then determining if they are harmonics of the fundamental (the one with the highest amplitude) or not."

La fondamentale e' la componente con la frequenza piu' bassa, e non quella con l'ampiezza maggiore. Una castroneria di questo livello mi porta a pensare che la validita' dell'intero articolo sia zero.

A titolo di esempio, e non vorrei che venisse considerato OT perche' e' un esempio pertinente, indico anche io un articolo trovato in rete. In questo articolo si sostiene che la terra e' piatta:

http://www.instantempo.me/2010/07/la...-le-prove.html

Sostenere che una nota sia un accordo e' come sostenere che la terra sia piatta... si puo' fare, ma se tutto quello che si puo' portare a supporto della propria tesi sono chiacchere vane ed inconcludenti non si va lontano.