Probabilmente c'è un po' di casino con l'abbimento dei canali midi ai vari strumenti...

Consiglio mio: passa a una versione più recente di Finale e se non ce l'hai prenditi una scheda audio con un motore midi migliore (specialmente se usi le librerie Garritan).
Dal Finale 2008, i canali midi delle varie tracce sono modicabili, nelle versioni prima no: cioè se ti facevi un file con Finale e volevi cambiare lo strumento ad una traccia non lo potevi fare... in più se creavi una nuova traccia c'era il rischio che venisse associata automaticamente al canale midi di un altro canale (ignorando l'impostazione dello strumento associato alla traccia che tu selezionavi).

Ho notato anche che nonostante l'interfaccia di Finale sia migliore su Windows... sul Mac effettivamente l'audio va via più sciolto.

PS: per me Finale ha ancora 2 grossi problemi: 1) l'impaginazione e 2) i linkaggio tra i file estratti e lo score:
1) per quanto si possa impaginare lo score e imporre al programma di mantere la stessa impaginazione sulle parti estratte... Finale non lo fa mai!
2) modificando lo score bisogna riestrarre i file oppure copiare le modifiche manualmente sulle singole parti... su Sybellius questa cosa è automatica ma fare altre operazioni non è così semplice.

Sempre più arrangiatori/compositori (e commitenti) richiedono i lavori fatti non con Finale ma con lo score editor di Logic (che ovviamente non è potente come Finale o Sybellius) ma si appogia su librerie di suoni e di pattern decisamente più "realistici".