Se l'innesto è ben fatto non ci dovrebbero essere problemi di intonazione in realtà.
Più che altro si potrebbero avere dei cosiddetti "lupi armonici" * dal sol in giù e una trasmissione del suono peggiore.

*: tendenza ad avere l'emersione casuale del primo armonico, come se si rompesse il suono che si sta cercando di ottenere.