Dipende da che tipo di effetti e come li applichi...

Sentire un sax in cuffia senza riverbero... ti butta fuori in maniera incredibile: quindi per lo meno devi avere un riverbero in cuffia.
In fuzione delle macchine che usi si sceglie sempre cosa usare... generalmente quando si usano macchine professionali, non necessariamente analogiche (ma di solito sì): si usa in tracking tutto quello che va usato e poi si verifica in fase di mix.

Quindi, siccome fai una registrazione probabilmente con solo effetti via plugin, usa tranquillamente tutto quello che vuoi in tracking e poi vedi se va bene e in caso correggi.
Per sentire la traccia dry ti basta bypassare i plugin e senti la traccia dry...

Viceversa quando si usano macchine analogiche capita spesso che alcuni effetti, specie la compressione (ma non solo), vengono fatte direttamente in tracking... e poi in caso si equalizza (se non lo si è fatto prima)... però ovviamente dipende dallo studio, dall'ingegnere del suono, dalle macchine a disposizione.
Ovvio in uno studio professionale, per fare l'equalizzazione e la compressione di un suono per il tracking si perde tranquillamente una mezz'ora (immagina il tempo che si perde per posizionare bene i microfoni della batteria!!!).

Come detto, usando i plugin di un DAW (qualunque esso sia), si può registrare con gli effetti in tracking e poi in caso scegliere/sentire com'era il risultato senza.
Ricordiamoci che anche il miglior microfono non "trasdurrÃ*" mai il nostro strumento come lo percepiamo noi con le nostre orecchie, da qui... l'uso di effetti diventa "necessario" nella stragrande maggioranza dei casi