Allora... ti sei praticamente risposto da solo... ma non facciamo confusione.
L'accordo è una sequenza di note di solito distanziate da terze (ma non necessariamente) che se suonate contemporaneamente ti identificano una "tonalitÃ*" o una "modalitÃ*"... o più semplicemente un "colore".
Nell'accordo (con estensione minima) puoi metterci massimo 3 o 4 note... per esempio C7 (al minimo) puoi svilupparlo su una ottava: C E G Bb..
Ma ci sono modi di suonarlo più aperto o più compresso: E G Bb C... o Bb E G C... Esistono un numero di volti che sono pari ad almeno il numero di note che l'accordo contiene: è un cazzata devi un po' vederlo sul piano l'accordo: sul piano la visualizzazione delle note dell'accordo è molto più immediata.
Quando devi improvvisarci sopra (agli accordi) gli sviluppi in scale... Quindi ad ogni accordo associ una scala, maggior minore, misolodia, misolidia altera (super locria, etc etc).
Armonia secondo Aebersold: ogni accordo alterato (#9) lo vedo come super locria: è un'approssimazione buona, funziona insomma... alle volte può non essere interessante.
Il tuo problema è l'estensione... nel voicing dell'arcordo #9 (in C7#9) e b3 (in Fm) (che sono D# e Eb: stessa nota) non sono la stessa cosa... perchè sono messe in posti differenti.
Il D# dentro C7#9 è appunto una #9 mentre dentro il Fm (o Fm7) è una b7... hanno significato differente all'interno dei rispettivi accordi.
Una sostituzione lecita che puoi fare su un accordo di dominante è una sostituzione di tritono... C7#9 ---> F#7 (#9)... perchè il tritono è un intervallo simmetrico e i 2 accordi hanno 2 note in comune (E e Bb) che sono E-Bb (3a b7 per C7) e Bb-E (3a e b7 per F#7)...
Qui puoi sostituire C7 con un accordo di F# ma solo con un F#7!