sono nella tua stessa situazione di principiante/dilettante e ho capito che per andare avanti serve un maestro: infatti ne ho trovato uno con cui inizierò tra qualche giorno.
In ogni caso credo che le note calanti non siano dovute tanto allo strumento - nessuno strumento è perfetto - ma alla mancanza di allenamento all'ascolto, all'imboccatura e all'emissione. Le note si aggiustano una per una con labbro e spinta e per imparare a farlo bene serve tanto tanto tempo... e labbra viola.
Il Re e il MI alti creano parecchi problemi anche a me, mentre mi fa strano che ti calino proprio le tre note in assoluto di più facile emissione e intonazione: non è che ti senti troppo "comodo" su quelle tre note e sbraghi?
Attenzione all'accordatore (che uso pure io), un po' va bene, oltre rischia di diventare un'ossessione che ingabbia il suono. Prova piuttosto a suonare su dei pezzi semplici da youtube, ti verrà naturale adeguare l'intonazione a quella della musica che stai ascoltando.
PS perché usi la notazione anglosassone anziché quella italiana?