certamente lo studio è la chiave per risolvere questo come molto altro.
però non mi sento di escludere a priori che il cambio di setup possa in "determinate ipotesi "essere un alleato più che un ostacolo.
ti faccio un esempio concreto molti anni fa suonando quell'intervallo sentivo quella stessa disomogeneità.
l'insegnante era in grado di sentire la stessa disomogeneità anche su altri intervalli dove il problema era meno evidente.

decisi di cambiare setup e sulle prime ho creduto di aver risolto il problema.
in realtà la disomogeneità si era distribuita in maniera più evidente su tutti gli intervalli ed io quindi la percepivo in maniera minore nel passaggio di registro.
inoltre le estremità soprattutto quella bassa erano divenute più difficili da gestire e da suonare in maniera omogenea.
morale della favola il cambio di setup mi ha fatto comprendere alcuni aspetti che prima non conoscevo......

per questo ti chiedevo di mettere un esempio audio video perchè già dal tuo approccio su un intervallo semplice e da come articoli mi posso rendere conto se il setup o il sax abbia una influenza determinante o è solo una questione di mancanza di tecnica e studio