Su qualsiasi sassofono (soprano, alto, tenore...) l'effetto di usare bocchini con design differenti comporta alcune tendenze per quella che è l'intonazione tra le ottave (e non solo tra le ottave).
Chiaramente uno si adatta a queste tendenze studiando... sul soprano la questione è più delicata (essendo lo strumento più piccolo).
Esempio esempliicativo: se il bocchino tende a far divergere le ottave in una certa maniera e lo strumento è settato per far divergere le ottave al contrario, le due cose si compensano e hai equilibrio.
Viceversa l'effetto di divergenze è amplificato e cominciano i problemi.
Questa cosa è evidente anche su uno strumento che magari suoni di più (... vedi un tenore) perchè accade che a fronte di una messa a punto standard (ma standard rispetto a cosa? Bella domanda, non l'ho mai capito nemmeno... "tradizione" purtroppo!) hai che con bocchini differenti (ma anche simili per design e concezione) hai che (uguagliando alcuni fattori) le tendenze per l'intonazione variano (sia tra ottave, sia magari su alcune note specifiche). Succede sempre. Su uno strumento che conosci e suoni con facilità (... o abitudine)
Questa cosa ovviamente ha una percentuale oggettiva e una percentuale soggettiva.
Posto che il bocchino non sia estremo e che tu lo stia suonando correttamente, problemi (almeno di intonazionazione) non dovrebbero insorgere.
Magari (per sfizio) prova a sentire un altro riparatore. E magari cercando di isolare la causa del problema (o è l'hardware a qualche livello... o sei tu).
(Io sul tenore... generalmente al tecnico gli dico come voglio che lo strumento sia regolato, perchè io devo suonarlo, lui invece viene pagato per il lavoro...
Sul tenore perchè non ho più nessun soprano a casa... da anni).