A occhio... potrebbe essere che il Yamaha è stato settato come se fosse un Selmer.
Ok... che Lawton BB e ance durette come le Medium Hard nonostante sia una combinazione piuttosto brillante non è detto che, parlando di focus delle note, faciliti l'intonazione...
... però il sax alto è un Yamaha e non un Selmer Serie II.
Quindi uno si aspetterebbe pure una intonazione più stabile.
Verifica come l'intonazione con altri setup... combinazione di ance e bocchini diversi da quelli citati.
Verifica anche la postura e se ci sono "buchi" o "picchi" di resistenza su alcune note (anche non quelle incriminate)...
Ogni setup (bocchino + ancia) può avere delle tendenze (per quanto riguarda l'intonazione) che vanno controllate (o con dal suonatore o dalla scelta di un'ancia corretta).