Di solito quando registri una traccia su una base hai la base in cuffia (meglio evitare le casse che rientrerebbero nel microfono).

Quindi:
- prima registri la traccia 1 col piano;
- poi suoni in playback la traccia 1 e registri la traccia 2 (ad esempio il flauto);
- poi suoni in playback di nuovo la traccia 1 oppure le tracce 1 e 2 insieme e registri la traccia 3 (ad esempio il sax);
- infine fai il mix delle tracce e produci il wave e/o mp3 del tutto.

Per fare questo devi avere un sw di registrazione: io ti consiglio audacity che e' gratuito (lo trovi in rete) e relativamente semplice da usare.