Il mio maestro ci tiene molto a questo aspetto (tenere sempre presente la struttura del brano mentre si suona) e consiglia di non contare le battute ma i moduli: qualsiasi struttura (almeno quelle tradizionali) è formata da un certo numero di frasi, ogni frase da due moduli, i moduli genericamente sono di due battute.
Se in una fase iniziale si improvvisa facendo riferimento ai moduli e costruendo ogni frase come la somma di due moduli sarà impossibile perdersi nella struttura e si sarà sempre consapevoli del punto esatto in cui ci si ritrova anche quando si improvviserà in maniera più complessa.
All'inizio sarà utile seguire in maniera più schematica la struttura di moduli e frasi e poi aggiungere varianti ritmiche e melodiche.
Ovviamente questo non vuol dire suonare 2 battute poi altre 2 e così via.
Bisogna costruire le frasi (anche con variazioni ritmiche) a partire dai moduli e non semplicemente "riempire" il chorus improvvisando solo seguendo i vari accordi che si succedono.

Spero di essermi spiegato anche se è una cosa molto più facile da capire dal vivo.