È indubbio che ogni musicista ha una propria "prima scelta" che varia in base al gusto personale e soprattutto in base all'effetto che vuole ottenere nei rapporti armonici polifonici.

Ciò premesso rimane però il fatto che in ambito strettamente tonale la progressione II V I "in minore" deriva dall'armonizzazione della scala minore armonica.
Per rendersene conto è sufficiente "mettere insieme" le note dei tre accordi della progressione, ad esempio in DO:
Dmin7b5 - G7b9 - Cmin

D F Ab B

G B D F Ab

C Eb G

mettiamo insieme e come per magia .....

C D Eb F G Ab B C = C minore armonica

Per questo motivo ritengo che dal punto di vista della coerenza armonica ed in una prospettiva eufonica (dalla quale si può poi anche prescindere) la prima scelta sul V7b9 sia la minore armonica (e non melodica come ha scritto phate) presa dal quinto grado.